Desinfektion macht einen wesentlichen Teil der antiseptischen Arbeitsweise aus. Laut dem Deutschen Arzneibuch (DAB) bedeutet Desinfektion: „totes oder lebendes Material in einen Zustand versetzen, dass es nicht mehr infizieren kann“.
Zur Desinfektion können chemische oder physikalische Verfahren eingesetzt werden. Es gibt verschiedene Listen mit geprüften Desinfektionsmitteln und -verfahren, in denen diese nach verschiedenen Einsatzbereichen aufgeführt sind: Hygienische und chirurgische Händedesinfektion, Hautantiseptik, Flächen-, Instrumenten-, Wäsche- und Raumdesinfektion sowie Desinfektion von Abfällen. Diese Maßnahmen gehören zum Teil zur Basishygiene.
Technisch wird zwischen Desinfektion und Sterilisation unterschieden. Von Desinfektion spricht man bei einer Keimreduktion in einem festgelegten Testverfahren mit bestimmten Prüfkörpern um einen Faktor von mindestens 10−5, das heißt, dass von ursprünglich 1.000.000 vermehrungsfähigen Keimen (sogenannten koloniebildende Einheiten (KbE)) nicht mehr als zehn überleben (Ausnahme: Wäschedesinfektionsverfahren: Keimreduktion um einen Faktor von mindestens 10−7). Auch zur Konservierung werden desinfizierende Verfahren angewandt.
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